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A.D.2009，在经历了和天顶星人Zentraedi的那场近乎导致人类灭亡的星间战争后，幸存下来的人类和Zentraedi彼此融合，开始了以种族延续为目的的银河播种计画。A.D.2059，人类为寻求可居住的惑星，不断在银河系中探寻新天地。载有千万人的超长距离移民船团Macross Frontier(25号)，航行于银河系中心附近。与Frontier临近的21号移民船团Macross Galaxy上在住的现役偶像歌手Sheryl Nome，为举行Live来到Frontier。Ranka Lee在去Live途中邂逅作为飞行员养成生的Alto，三人的不期而遇，彼此的命运从此相互牵系！而此时，Frontier遭遇不明敌人的强力攻击，移民船团上的人们又将何去何从？新的Macross物语即将展开！